黑箱理论，是指对特定的系统开展研究时，人们把系统作为一个看不透的黑色箱子，研究中不涉及系统内部的结构和相互关系，仅从其输入输出的特点了解该系统规律，用黑箱方法得到的对一个系统规律的认识。不通过分析生态系统内部结构和相互关系，而是根据生态系统整体物质和能量的输入和输出关系及其影响因子得到该生态系统的结构和功能的规律。
一、基本信息
出发点
"黑箱"的研究方法的出发点在于：自然界中没有孤立的事物，任何事物间都是相互联系，相互作用的，所以，即使我们不清楚"黑箱"的内部结构，仅注意到它对于信息刺激作出如何的反应，注意到它的输入—输出关系，就可对它作出研究。如果我们能设计出一个系统，在同样的输入作用下，它的输出和所模拟的对象的输出相同或相似，就可以确认实现了模拟的目标。在此，信息的输入，就是一个事物对黑箱施加影响；信息的输出，就是黑箱对其他的事物的反作用。事实上人们在对信息进行分析和综合时，很少追求结构上的相似性，而总是把握信息的观点，行为功能的观点。
系统整体优化法，即是从系统的观点出发，着重从整体与部分之间、整体与外部环境之间的相互联系中，综合地考察对象，从而达到全面地、最佳地解决问题的目的。
黑箱概念
在控制论中，通常把所不知的区域或系统称为"黑箱"，而把全知的系统和区域称为"白箱"，介于黑箱和白箱之间或部分可察黑箱称为"灰箱"。一般来讲，在社会生活中广泛存在着不能观测却可以控制的"黑箱"问题。比如，我们每天都看电视，但我们并不了解电视机的内部构造和成像原理，对我们而言，电视机的内部构造和成像原理就是"黑箱"。
黑箱方法
黑箱是我们未知的世界，也是我们要探知的世界。如何了解未知的黑箱呢？ 我们只能在不直接影响原有客体黑箱内部结构、 要素和机制的前提下通过观察黑 箱中"输入"、"输出"的变量，得出关于黑箱内部情况的推理，寻找、发现其内部规律，实现对黑箱的控制。这种研究方法叫做黑箱方法。
二、历史发展
理论前身
几千年前的中国传统中医药理论是"黑箱"理论的体现。两者的科学结合将促进中国传统医药学的现代化和"黑箱"理论的进一步发展。
实践证明
实践证明，物质具有系统属性，我们科学研究的对象，都可以把它看成是一个由基本要素组成的动态系统。在这个系统内外，不仅存在着信息传递、交换，还有对信息的处理和控制。同行为功能模拟法一样，系统整体优化法也是信息分析综合法的一个重要的发展和实用化。在对任何系统进行信息分析和综合时，一方面要抓住功能的相似，另一方面则要抓住系统的整体优化法，是信息分析综合法的两个实施法则。只有遵循这两个法则，才能作出最优的信息分析与综合。
