国家自然科学基金是20世纪80年代初，为推动我国科技体制改革，变革科研经费拨款方式，中国科学院89位院士（学部委员）致函党中央、国务院建议的。多年来自然科学基金在推动我国自然科学基础研究的发展，促进基础学科建设，发现、培养优秀科技人才等方面取得了巨大成绩。
一、基金申请
受理时间
从2002年开始，每年的2月15日开始受理当年的国家基金申请项目，3月31日截止。3月25日-31日在自然科学基金委办公楼安排集中受理（邮寄申请书及软盘以投寄日邮戳为凭，寄送到自然科学基金委相关的受理部门，软盘以快递方式投寄）。
原则要求
从1999年起，申请国家自然科学基金的注意事项在《通告》中已经提出了明确的要求。为了更好指导科技人员的申请，还专门出版了《申请项目指南》和《项目指南》，这两本资料请一定认真查阅。同时，国家基金委对国家科学基金的资助原则提出4点新的要求即新16字方针。
1、强调加强基础研究：在新的形式下科学基金要重新定位，对国家基础研究负责主管的是国家科学技术部和国家基金委。据统计1998年地球科学部资助项目：基础研究占51.6%，应用基础研究占41.4%，总的要求资助基础研究的项目要不少于50%，基金委的基础研究要求更有创新、更长远、更超前。
2、调整结构：国家基金从过去单一资助项目发展到综合资助（如面上、青年、杰出青年、国家重点实验室以及人才梯队的支持等等）。从1999年起，在调整结构时向青年人倾斜，有关学科的调整将主要资助优先领域的研究。"十五"的优先领域已开始逐步实施，总的优先领域范围比"九五"要少。
3、突出创新：这是基金资助的核心，只有发现和解决问题的能力越强，才能产生出创新。如化学科学部申请项目资助的钱怡泰……，中科院物理所善于攻关的谢时生……。创新要求有一个良好的环境，要一个有利于创新的体系，创新必须有一批保证创新的科研管理人员和管理体系。如美国哈佛大学的经费每年15亿美元，其中管理基金的人员为330人，每年人工工作花费2800万元，其管理已全部信息化。
4、提高绩效：国家科学基金委现已开始重视国家科学基金资助的绩效，并且提出新申请的项目要与申请者原承担的国家科学基金项目执行的好坏即绩效挂起钩来。完成得不好的，暂不给予资助。将要制定条例，对某一个项目完成了但一篇论文也未发表的，基金委两年内将不受理他的新申请项目。
另一方面，国家基金委从1998年开始对基金资助项目发表的学术论文收集检索实行重奖。国家基金委专门拨了一笔钱对基金资助项目根据绩效进行奖励，主要按资助项目：发表论文篇数、期刊档次、被收录情况、被他人引用的频数等7项指标之和经加权进行考核，1998年共奖励31项，最高20万元，最低5万元，是奖励项目经费即资助一个项目。1999年采取跟踪考查，对国家基金资助项目在高级别刊物上发表的学术论文数量、被引用次数等，分别对47个项目给予了：15、10、5万元的项目经费奖励。
申请人事项
申请人应注意以下几点：
1. 申请人应认真阅读《条例》、《指南》、相关类型项目及经费管理办法，按撰写提纲要求撰写《国家自然科学基金项目申请书》（以下简称申请书）。
2. 2012年版申请书中增加英文摘要和英文关键词填写等若干要求。
3. 2012年度申请书撰写采用离线和在线两种方式：
（1）采用离线撰写申请书方式的项目类型包括：面上项目、重点项目、青年科学基金项目和地区科学基金项目。具体要求如下：
申请人于2012年1月1日后登录科学基金网络信息系统（以下简称ISIS系统）下载2012年版申请书，不得使用以前版本的申请书。申请人完成申请书撰写后，向依托单位提交电子版申请书和签字后的纸质申请书原件（包含附件材料）。申请人应保证纸质申请书与电子版内容一致。
（2）采用在线撰写申请书方式的项目类型包括：重大项目、重大研究计划项目、国家基础科学人才培养基金项目、青年科学基金-面上项目连续资助项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、创新研究群体项目、海外及港澳学者合作研究基金项目、联合基金项目、科学仪器基础研究专款项目、科普项目、重点学术期刊专项基金项目、数学天元青年基金项目、重大国际（地区）合作研究项目、国际（地区）合作研究与交流项目等。具体要求如下：
申请人向依托单位索取用户名和密码，登录ISIS系统，准确选择相应申请项目类型（含亚类说明和附注说明），按照相关要求与提示撰写申请书，并将申请书附件材料电子化。其中，重大国际（地区）合作研究项目的申请人按照上述要求完成在线撰写中文申请书后，还应在ISIS系统中下载《重大国际（地区）合作研究项目英文申请书》进行离线撰写，该英文申请书与合作双方的协议书一并作为中文申请书的附件材料。
申请人完成申请书撰写后，在线提交电子申请书及其电子附件材料，下载并打印最终PDF版本申请书，向依托单位提交签字后的纸质申请书原件，无需提交纸质附件材料（有关证明信和推荐信等纸质材料原件除外）。
申请人应保证纸质申请书与电子版内容一致。
二、联合资助基金项目
联合基金是自然科学基金委为推动产学研结合，引导其他政府部门或产业界在双方共同关心的领域或方向上投入经费，支持基础研究和应用基础研究，以解决实际应用中的基础科学问题而共同出资设立的资助类别，旨在加快基础研究成果的产业化进程，解决产业界需求的关键科学问题，有目标地为产业界提供技术储备，增强企业的自主创新能力，促进企业成为技术创新主体。
联合基金分为联合资助基金和联合资助项目两种类型，前者是在一定时间内，每年按照《指南》资助一批项目，后者是对某一特定项目共同出资资助。
"广东联合基金"和"石油化工联合基金"项目不分面上项目或重点项目，单独作为一类项目计入申请或承担自然科学基金项目总数的限项检索范围。即具有高级职称的项目申请者和项目组主要成员申请或承担面上项目、重点项目、重大项目、重大研究计划项目、联合基金项目以及其他按面上项目或重点项目管理的专项项目的总数不能超过3项。其他联合资助基金项目按本《指南》规定计入相应项目类型的限项范围。请申请者务必注意，不要因为超项而不能通过初审。
联合基金包括"NSAF"联合基金、天文联合基金、钢铁联合研究基金、广东联合基金、石油化工联合基金，以及地区联合资助项目、铁道联合资助项目、与微软亚洲研究院联合资助项目等。
专项项目
专项项目是自然科学基金会为专门支持或加强某一领域或某一方面而设立的专款资助项目，包括数学天元基金和科学仪器基础研究专款两类，其中数学天元基金项目不参加各类项目的限项检索，科学仪器基础研究专款项目计入重点项目的限项检索范围。
