学习方式不同，函授的学习是以自学为主，院校会安排时间组织集中面授，自考本科的话完全以考生自己学习为主。报考次数不同，函授每年考生可以报考一次，报考自学考试大部分省份考生可以选择两次报名机会。
考试方式不同
在入学时，自考本科没有入学考试，报名自考本科的考生可以在每年的4月、10月参加单科考试，等到所有科目考试成绩都合格后，可申请自考本科毕业，颁发学历证书。
函授本科其实就是成人教育本科。成人教育学习形式分三个类别：脱产，业余，函授。现在一般所说的函授本科指的是成教本科。成教本科严进宽出，学生只有通过国家统一的成人高考考试，才能入学就读。
学制方面不同
自考本科没有学制方面的限制，只要考完报考专业的所有科目都合格通过即可申请毕业，即一年考完一年毕业，五年考完五年毕业，只要8年内考完就行，相关时间政策根据当年政策情况。
报考函授本科的考生在10月考完后，第二年3月左右注册学籍，两年半毕业，在这两年半期间会有周末或假期集中授课，属于函授。入学后，每学期参加期末考试，学制为2.5年。
文凭认可度不同
从学历文凭认可度来说，普通高等教育五大学历教育是国家最为正规且用人单位最为认可的学历教育。因自考本科学历获取难度更大，所以自考本科的含金量要大于成人高考。
